La nostra storia si apre sui ricordi di una delle giovani protagoniste, Nanako Misonoo, colei che ci farà da narratrice per l'intera vicenda scandendo i tempi del racconto con i suoi sentimenti. Nanako ricorda i tempi in cui finì le scuole "medie": la suddivisione degli anni scolastici è diversa in Giappone rispetto all'Italia (assomiglia di più alla scuola americana), infatti Nanako si prepara a compiere gli studi della scuola che noi definiremmo "superiore" a 14 anni. Ci sono scuole giapponesi che al loro interno sono articolate in modo da poter seguire lo studente dalle elementari fino alla fine delle "superiori", ma spesso molti studenti, finite le "medie", scelgono di cambiare istituto per poter frequentare sedi più prestigiose, che danno più credito al titolo di studio che conseguiranno. L'entrata in nuovi istituti è però sempre regolata da esami d' ingresso famosi per essere severissimi (è uguale per l'università, ricordate gli esami di Godai in Maison Ikkoku? ^^) e la maggior parte degli studenti sceglie di frequentare, prima di essi, speciali scuole di preparazione dette appunto cram-schools.
E' in una di queste scuole che si apre la nostra storia: Nanako ricorda il modo particolare con cui si sentì attirata dal giovane studente universitario che insegnava sociologia, Takehiko Henmi "non era amore", dice, ma un sentimento quasi di nostalgia che spinge la nostra Nanako a fare al ragazzo una strana richiesta: diventare "suo fratello maggiore", ovvero, nell'intento di Nanako, una sorta di confidente, di tutore quasi, a cui scrivere lunghe lettere dove raccontare le proprie giornate ed emozioni. Da qui la narrazione procede in tempo reale. Henmi, stupito alla strana richiesta, chiede a Nanako il suo nome e gli si ferma il cuore in petto quando sente che è figlia del professore universitario Misonoo… Henmi accetta la sua richiesta, nonostante l'evidente smarrimento, le cui ragioni risiedono nel fatto che egli è il primo figlio del professor Misonoo. Il professore infatti, si separò dalla prima moglie, la madre di Takehiko, e se ne andò di casa, sposando successivamente la madre di Nanako. Ella, completamente all'oscuro del fatto che Henmi è veramente suo fratello -o meglio, fratellastro-, è colma di felicità.
Nanako passa gli esami d'ingresso al prestigioso istituto femminile Seiran, frequentato da molte ragazze dell'alta società: il mattino del primo giorno di scuola, dopo le ramanzine di sua madre sul comportamento e colma di eccitazione, si avvia a prendere il bus. Intanto rivela che il professor Misonoo è un padre adottivo per lei; quando egli sposò sua madre, Nanako aveva 5 anni, e non ha mai saputo chi fosse il suo vero padre.
Sul bus colmo di gente, Nanako si scontra con una misteriosa ragazza bionda e slanciata, vestita con eleganti abiti dal gusto maschile, che incurante del caos che la circonda legge un libro. Nanako nota lo splendido braccialetto cesellato che porta al polso. Ed è proprio lei che, sorreggendo Nanako che sta per essere travolta dalla massa di gente, la fa scendere "sana e salva". Ella rimane turbata e affascinata dalla voce della indecifrabile sconosciuta, "roca, calda, elegante e solenne". Arrivata a scuola, Nanako si sente spiazzata: non conosce nessuno, e non sarà in classe con la sua amica di sempre Tomoko. Mentre le studentesse chiacchierano degli spettacoli del Takarazuka, Nanako viene avvicinata da una bellissima ragazza dai lunghi capelli corvini, Mariko Shinobu, che in maniera accattivante e un po' invadente fa amicizia con lei. Nel mentre un coro di urletti estatici delle studentesse annuncia l'arrivo di una delle ragazze più ammirate della scuola: Kaoru Orihara, detta Kaoru no Kimi, dal nome di un personaggio del Genji Monogatari. Mentre Kaoru viene assaltata dalle sue "ammiratrici", Mariko spiega a Nanako che ella è rimasta a casa un anno da scuola a causa di una misteriosa malattia. E in quel momento arrivano anche, sicure e trionfanti come giovani regine, un gruppo di bellissime studentesse che suscita i gridolini ammirati della scuola intera: Mariko spiega che sono i membri della Sorority, un'associazione studentesca a modello di quelle americane, i cui membri vengono scelti in base alla loro posizione sociale, bellezza, rendimento scolastico, personalità e prestanza fisica: anche Mariko, come tutte le studentesse del Seiran, farebbe qualunque cosa per farne parte, dato che la Sorority è in pratica una elite d'alta società che garantisce privilegi scolastici e non, e lo status sociale di modello da ammirare e invidiare. La Sorority ha come presidentessa la splendida e altera Fukiko Ichinomiya, detta Miya-sama, che annuncia che entro breve saranno scelte le candidate per il nuovo anno.
Mentre Mariko si affeziona sempre di più a Nanako e alla sua dolcezza -sono anche in classe insieme, e con Kaoru-, avvicinandosi a lei con una forza che sconfina nella prepotenza, Nanako rivede la sconcertante e affascinante ragazza dall'aspetto androgino con cui si era scontrata sull' autobus il primo giorno di scuola: scopre che è del secondo anno, e si chiama Rei Asaka, ma tutte la chiamano Hana no Saint Just. Ella viene un giorno a cantare una canzone nella sua classe, accompagnandosi con la chitarra, e dimostra grande confidenza con Kaoru no Kimi. Mentre Saint Just se ne sta per andare, incrocia Miya-sama e le altre ragazze della Sorority: la tensione fra le due è palpabile. Miya-sama è venuta per annunciare le candidate del primo anno alla Sorority: vengono scelte Mariko, Kaoru, che rifiuta la candidatura, e, con grande sorpresa di tutte, Nanako, che non ha posizione sociale elevata né si distingue per particolare charme. Aya Misaki, loro compagna di classe che era già certa di essere fra le prescelte e non è stata chiamata, sfoga la sua rabbia con tutta la sua cattiveria contro Nanako e Mariko. Kaoru, dopo aver messo fine al litigio, critica aspramente gli usi della Sorority e la competizione sfrenata che causa tutti gli anni fra le studentesse. Ma la frustrazione di Misaki e delle altre ragazze che ritengono che Nanako non abbia alcun requisito per entrare nella Sorority non si arresta qui: cominciano a diffondere ogni tipo di maldicenze e chiacchiere sul suo conto, demolendola come persona e sparlando delle sue origini dubbie, nonché dei suoi genitori. Nanako corre via con il cuore gonfio di lacrime, e si scontra senza volerlo con Saint Just. Rimane colpita dal suo odore maschile e dalla noncuranza con cui ingoia pillole non meglio identificate.
Per l'ennesimo intrigo delle sue compagne rose dalla gelosia, Nanako arriva in fortissimo ritardo al party della Sorority in cui i membri più anziani esaminano le candidate per sceglierle, e fa anche numerose gaffe. Nonostante ciò, viene comunque scelta come membro della Sorority, insieme a Mariko! Nanako è sbigottita, era sicura che sarebbe stata certamente eliminata e così anche le altre studentesse, che riprendono a ferirla con le loro maldicenze più di prima: ed è così che Nanako sente dire per la prima volta che suo padre aveva avuto un altro figlio prima di sposare sua madre.
Nanako intanto comincia a prendere parte alle attività della Sorority, incoraggiata da Miya-sama. Un giorno Miya-sama, con la sicurezza di chi sa di avere il potere di dominare, invita anche Saint Just con loro, che accetta con aria remissiva e trepidante al tempo stesso. In questa occasione Nanako vede chiaramente che Miya-sama fa cadere apposta un puntaspilli da Ikebana sulla mano di Saint Just, ferendola. Nanako è spaventata e sbigottita, com' è possibile? Miya-sama nasconde qualcosa di crudele, sotto la sua impassibilità? E che rapporto c'è fra lei e Rei, cosa corre fra gli sguardi carichi di tensione che le due si scambiano?
Nel frattempo, per un intrigo di Mariko che vuole l'amicizia di Nanako tutta per sé, Tomoko dice a Nanako che è cambiata, da quando è membro della Sorority; e che non vuole più vederla. A rendere la sua situazione ancora più pesante, alcune studentesse degli anni superiori prendono da parte Nanako accusandola di aver giocato sporco per entrare nella Sorority, arrivando a schiaffeggiarla. Al colmo del dolore, la piccola decide di rifugiarsi nella torre dell'orologio della scuola e lì trova Saint Just! Ella, con sguardo distante e un lieve, gelido sorriso, sta lanciando coltelli ad una sagoma di Miya-sama disegnata sul muro! I coltelli colpiscono inesorabilmente la zona del cuore.
Nanako, sola con Saint Just, comincia a provare strani sentimenti: un batticuore particolare, una ritrosia imbarazzata, una timidezza diversa che non aveva mai conosciuto prima. ^^
Mariko invita Nanako alla sua festa di compleanno e quest'ultima rimane non poco imbarazzata quando scopre di essere l'unica invitata!! Mariko, che non ha mai avuto veri amici ed è sempre stata sola, desidera ardentemente, con tutta la forza della sua disperazione, che Nanako rimanga al suo fianco; e quando è per lei ora di andare a casa, Mariko cerca di impedirle di andare via, chiudendola in una stanza e tirandola perfino per i capelli, col risultato che nei giorni successivi Nanako non vuole più parlarle, impaurita dalla sua possessività.
A scuola, mentre Kaoru sta parlando con Nanako, d'improvviso ha un malore, una riacutizzazione della sua malattia? Kaoru chiede alla piccola di andare da Rei a prenderle una medicina: Rei, che sta cantando circondata dalle sue fan, pare non rendersi conto dell'urgenza della cosa finché Nanako, con le lacrime agli occhi, non le dà uno schiaffo.
Miya-sama successivamente suggerisce a Nanako di non avere niente a che fare con Saint Just, per il suo bene. Nanako non ne comprende il perché.
La corrispondenza fra Nanako e Henmi continua e un giorno una lettera di Henmi viene per caso recuperata dalla madre della piccola, che non spiegandosi il perché i due siano in contatto, si reca da Takehiko per parlargli. Egli rassicura la signora Misonoo: non ha raccontato nulla a Nanako sulla loro "parentela" e le è sinceramente affezionato come un amico.
Al Seiran, durante una lezione di educazione fisica Mariko sviene: scopriamo che la fanciulla ha smesso di mangiare dal giorno del suo compleanno, cioè da quando Nanako ha smesso di parlarle, decisa a continuare finché Nanako non l' avesse perdonata e così avviene, nella commozione di entrambe ^^.
In una mattina successiva, Miya-sama invita Rei a casa sua: le dà appuntamento nel pomeriggio sotto un olmo nel giardino della scuola. Il tempo promette male: comincia a piovere a dirotto e le ore passano, compresa quella dell'appuntamento. Nella tarda sera Nanako, che ha dimenticato un quaderno, torna a scuola e vede Saint Just febbricitante, che ancora attende sotto la pioggia Miya-sama. Dietro le insistenze di Nanako, Rei si fa riaccompagnare a casa: la piccola rimane inebetita, scoprendo che Saint Just vive da sola in una fredda casa le cui pareti sono ricoperte di specchi, quasi senza cibo nel frigorifero, in compagnia di una bambolina che Rei dice assomigliare a Nanako stessa.
Chiamata da quest'ultima, arriva Kaoru, che strappa a forza a Rei il suo splendido braccialetto urlandole che se lo deve togliere. Il bracciale, capiamo, ha infatti un legame con la figura di Miya-sama e nel toglierlo, si evidenzia che esso nascondeva un cicatrice sul polso di Rei! Tentato suicidio...? Rei costringe Kaoru a ridarle il bracciale minacciandola con uno dei suoi coltelli.
Nei giorni successivi, Nanako assiste per caso ad una conversazione fatta di nascosto fra Kaoru e Miya-sama, con cui scopriamo che Rei e Miya-sama sono sorelle! Allora, si chiede Nanako, non è odio quello che c'è negli occhi di Saint Just per Fukiko?
I sentimenti di Nanako per Rei crescono di giorno in giorno, ella percepisce come una marea che la investe la solitudine infinita di Rei e nuovi sentimenti e sensazioni, tristi, opprimenti, calde, nascono in lei. Anche Kaoru piange, da sola, lontano da tutti, rivelando una fragilità che ella nasconde agli altri con tutte le sue forze.
Nanako, presa dal turbine delle sue emozioni, cerca Saint Just nella torre dell'orologio e la trova persa in una sorta di delirio da eccesso di farmaci, in cui ella la scambia per Fukiko. Le dice che l'ha aspettata tanto, per morire insieme come si erano promesse, e tira fuori un coltello. Per fortuna Rei si riprende dal suo delirio prima di compiere gesti inconsulti.

<Oniisama e... Parte 2>